Der markante spätgotische Bau steht auf einer Felsnase über dem Kettenbach am unteren Ende des Marktplatzes. Die erste urkundliche Erwähnung über das Bestehen einer Kirche stammt aus der Zeit um 1260. Eigene Pfarre wurde Bad Zell im Jahr 1366. Daß jedoch schon wesentlich früher eine Kirche gegründet wurde, ist aus der Besiedlungsgeschichte dieser Gegend abzuleiten. Die Pfarrkirche von Bad Zell ist dem Heiligen Johannes dem Täufer geweiht. Bemerkenswert sind das rundbogige Südtor aus der Zeit um 1510 und ein schönes Schlingrippengewölbe mit in sich ruhenden Sternen unter der Orgelempore von Mathes Klayndl (Erbauer der Kirche von Kefermarkt).
Um 1750 wurde der Altarraum von Franz Ludwig Grimm aus Bayern barockisiert. Das Fresko in der Kuppel stammt von Bartolomeo Altomonte, die Architekturmalerei dazu von Johann Georg Dollicher aus Linz.